Есть документ, он делает запись в регистр накопления, сначала из него запросом тащим данные, а затем в него записываем.

Перед тем, как выполнить запрос, стоит исключительная блокировка на измерение, по которому хотим получить значения, но почему то все равно возникает конфликт блокировок ...

Данный документ имеет режим блокировок - Управлемые. Регистр так же.
В чем может быть проблема ?

Блокировка для изменения в данном случае насколько я понимаю, не годится.

На саму конфу стоит Авто и управляемые.

документ тоже авто?

нет, управляемые
что то получилось, в запросе убрал отбор по дате...
но с другими регистрами пока не прокатывает