Настраиваю обмен между 2-мя конфигурациями
использую Универсальный обмен данными
Правила пишу в Конвертации данных
Возникла  у меня проблема?
Как задать отбор по организации?! ОБЩИЙ и универсальный. Не задавать в каждом документе а на всех сразу
что б справочник это или документ с организацией нам не нужной
и сразу Отказ = Истина

используй процедуру конвертации "Перед выгрузкой объекта"

а вообще правильнее будет не регистрировать такие данные к обмену

т.е вы приедлагаете в каждом документе
т.е в каждом ПКО прописывать отказ в процедуре передвыгрузкой?!

(3) нет. Есть общие процедуры, они привязаны не к ПКО а к самой конвертации.