Подскажите плз почему при при первом обмене (УТ10-Бух20) полностью синхронизируется справочник номенклатура, хотя в настройке указано "по ссылке"?

потому что первая.
по ссылке будет обрабатываться потом. во избежании дублей.

А как не перегружать если мне не нужны все элементы справочника?

а там отборов нет в настройках? если есть то перед первым обменом завершить работу помошника. открыть созданное правило обмена и забить туда обмен. если отборов нет то добавить их через КД.

"забить туда отбор"

(2) Типовым механизмом никак, если только отказаться от первоначальной синхронизации.

(5) а типовым механизмом можно отказаться от первоначальной синхронизации? Так просто кнопка "далее" не активируется если не выполнить обмен справочников ...

активируй ее сам программно

(6) Не пользоваться мастером настройки не предлагать? :)