Нужно сделать раздельную нумерацию Налоговых накладных и приложений 2 к налоговым накладным.
В Регистре Учетная политика(Налоговый учет) галочки не ставил.
Сделал так, что при изменении организации ставится нужный префикс и номер. Использую один нумератор для Налоговой и Приложения2. Только если в форме непроведенного документа изменить организацию, номер изменяется каждый раз на +1.
И получается что следующая накладная идет с неверным номером.
(2) Если использовать один нумератор и создавать документы, то, к примеру, номер Налоговой будет 00001, а если за ней создать приложение то оно будет с номером 00002 и т.д. Это то, что надо, только при каждом изменении организации, постоянно меняется и записывается номер, даже если выбирать одну и ту же.