Часто в коде встречаю текст:

ТЗ.Индексы.Добавить("Номенклатура,Склад");

Для чего нужны эти индексы и в чем заключается смысл этого кода?

ускорение операций

т.е. для индексации колонок?
А порядок следования колонок ТЗ.Индексы.Добавить("Колонка1,Колонка2...") имеет какое-то значение?

порядок следования колонок ТЗ.Индексы.Добавить("Колонка1,Колонка2...") имеет какое-то значение?

(0) попробуй без них сделать Найти() в большой таблице и с ними. Порядок роли не играет.