Больше похоже на глюк, иногда при заполнении/перезаполнении подразделения заполняютс, иногда нет. Способы отражение зп в регл учете определены.
Не проставляются подразделения в проводках 26 - 70.
Какая настройка на это может влиять?

У меня такая же проблема ?

Посмотрите регистр сведения «Счета учета по подразделениям»

Сейчас посмотрю.

(0) А настроено? Зайди в справочник Способы отражение зарплаты в регл учете

(2) Проверил, в РС "Счета по подразделениям" все необходимые счета есть.

(4) Настроено:

Дт26: Подразделения - пусто, Статьи затрат - зарплата;
Кт70: Сотрудники - <подбирается автоматически>.

(6) Попробуй так. Открывай каждое подразделение и подвязывай к нему проводку, причем для каждого подразделения задай свой способ отражения в регл учете, где будет проставлено подразделение. Например:
Подразделение Бухгалтерия Дт26: Подразделения - Бухгалтерия, Статьи затрат - зарплата;
Кт70: Сотрудники - <подбирается автоматически>.

(7) Можно попробовать. Но до сих пор работало. И еще если много подразделений.

(0) Смотри на какой вид расчета не проставляется подразделение и смотри как оно должно отражаться.

Я сначала подумал из-за обновления на релиз 2.5.50.1

(9)!!! Только на некоторых видах расчета не проставляет Подразделение.