Для веб пользователей в конфигурации заведён один пользователь. А логин пароль храниться в регистре сведений.
В модуле управляемого приложения:
Функция АутенфицироватьПользователя()
   ФормаАутентификации    = ПолучитьФорму("ОбщаяФорма.ФормаАутентификации", ,,,ОсновноеОкно());
   Возврат (ФормаАутентификации.ОткрытьМодально()=Истина);
КонецФункции

Процедура ПередНачаломРаботыСистемы(Отказ)
       
   Если Не АутенфицироватьПользователя() Тогда
       Отказ    = Истина;
   КонецЕсли;
   
КонецПроцедуры

Но форма аутенфикации, но по умолчанию браузер блокирует всплывающие окна. Как провести аутенфикацию в основном окне?

> Как провести аутенфикацию в основном окне?

Чтоб провести аутентификацию в основном окне, надо разблокировать блокировку всплывающих окон для этого ресурса и провести аутентификацию во всплывающем окне.

(1) :) это понятно. Но хочется пользователю просто дать ссылку и он по этой ссылки просто зашёл без всяких инструкций о том как нужно предварительно настроить браузер.

вот думаю над таким вариантом
Процедура ПриНачалеРаботыСистемы()
   //тут нужно отключить весь интерфейс
   ФормаАутентификации    = ПолучитьФорму("ОбщаяФорма.ФормаАутентификации", ,,,ОсновноеОкно());
   ФормаАутентификации.Открыть();
КонецПроцедуры

А после успешной аутенфикации подключить опять весь интерфейс
Вопрос как отключить интерфейс? Можно при открытии всех форм проверять прошла ли аутенфикация или используя функциональные опции.

UP

Ещё одна проблема
Мазила выдаёт:
"Мазила работа с буфером обмена в текущем сеансе отключена, так как не разрешены необходимые привилегии браузера"
Как это побороть?
вопрос с аутентификацией ещё актуален.

Нашёл инструкцию по настройке браузеров:
В конфигураторе -> Справка -> Содержание справки -> 1С Запуск 1С:Предприятие 8 и параметры запуска->Список поддерживаемых веб-браузеров. И там инструкция по настройке каждого браузера. Придётся видимо рассылать пользователям эту инструкцию.
Но действия по предварительной настройке браузеров не тривиальные и не каждому пользователю будут под силу.
Хотелось бы дать дать пользователям просто ссылку и всё.

Убери пароли с пользователя и нарисуй свою форму аутентификации.

(7) Я пароль оставил и указал его в параметрах запуска. И сделал свою форму аутентификации. Но вот она открывается сразу во всплывающем окне, а браузер её блокирует. Вот это мне и не приятно. Со стандартным паролем взлетает всё бес всплывающих окон.