Почему в выгрузку за период попадают документы не за данный период.
как победить проблему ?

да кто ж тебя знает, что ты там в правилах понаписал

Может это документы, ссылки на которых есть в реквизитах документов за данный период ?

Хм. а как не выгружать их ?
в перед выгрузкой написать так
Если Источник.ДатаДок < Параметр Тогда
    Отказ = 1;
КонецЕсли;

Может ты поставил галку, чтобы тянулись все подчиненные докуметны, или период не тот анализируешь. Надо смотреть правила.

период ставлю с 01,02,2012-0103,2012. в выборку попадают документы за 2011 год.

Если поставить галку "не замещать существующие объекты....".
В приемнике создадутся только новые документы. если даже будет старый он его пропустим автоматически, верно ?

Да.

спасибо