Опубликовали базу и веб-сервис на сервере, включив аутентификацию Windows. Привязали пользователя к доменной учетке. Если авторизоваться под этой учеткой на компьютере, который находится в сети, то авторизация Windows работает только в клиентском приложении 1С, а в веб-клиенте и при использовании веб-сервисов не работает. Интересно, что если подключиться через терминал к серверу, где находится публикация, и авторизоваться под этой же учеткой то там все работает. Кто-нибудь сталкивался с подобными проблемами??

Сталкивался. 1Cv82 (серверный вариант, windows-авторизация) + web-сервисы + апач + домен. Не проходит авторизацию, хотя на файловом варианте 1С всё работает. Пока не разбирался - руки не дошли...

(1), может дело в апаче, на IIS все должно работать по идее

Читаем документацию http://its.1c.ru/db/v8doc#content:663:1:IssOgl1_3.3. *.v8i

3.3. *.v8i
В данном приложении приводится описание формата файла описаний зарегистрированных информационных баз. Этот список используют все клиенты.
Файл располагается на локальном компьютере, в каталоге %APPDATA%\1C\1CEStart\ и по умолчанию имеет имя ibases.v8i.

WSA
Определяет вариант аутентификации пользователя на веб-сервере, если веб-сервер используется в качестве промежуточного звена (тонкий клиент, подключенный через веб-сервер и веб-клиент). Принимает значения:
? 1 — пытаться выполнить аутентификацию на веб-сервере средствами ОС. Если выполнено неудачно, запрашивается логин/пароль.
? 0 — всегда запрашивать логин/пароль.
Пример:
WSA=1

Иначе говоря, открываешь файл, где у тебя прописана база. Ищешь секцию с этой базой и там прописываешь\изменяешь WSA=1