Мой порядок действий
1)Выгружаю план счетов из БП в Зик
2)Настраиваю шаблоны проводок (начисления, удержания и прочие)
3)Загружаю проводки в БП

В итоге смотрю документ "Отражение зарплаты в рег учете" Встают другие физ.лица, счета некоторые не подставляются.

Как понимаю, физ лица при переносе определяются по коду?

и не только по кодам. Перепроверь сотрудников в обоих ПП, и попробуй пере выгрузить.
У меня была такая фигня, код и наименование ИФНС поменяли и работали полгода, потом только они прозрели, что 2 организации вилось)))

(1) Посмотрел в конвертации, поиск по коду был. Поставил по наименованию, все норм по крайней мере в этой части ))

(2) блин. есть вариант, на тестовых базах (на обоих) прогнать эту обработку УниверсальныеПодборИОбработкаОбъектов.epf по всем сотрудникам. Она стандартная на ИТСах есть.

*она проверит нумерацию, потом снова попробовать перевыгрузить.

(3) Я знаю такую, просто выгрузка происходит из нескольких баз Зика в одну БП, я справочники сотрудники в Зиках разные.

странно, если коды разные, должен задваивать сотрудников...