В общем есть ученики(не сотрудники) проф.училища, которым выплачивают(через кассу) заработок. По БУ это начисление выглядит как Дт26.01Кт76.09.

Вопросы:
1. Как лучше отразить факт "начисления" ЗП и удержать с этих сумм НДФЛ, чтобы потом по этому НДФЛ отчитаться.
2. Как отразить в БУ эти операции(начисление, удержание НДФЛ).

только ручными операциями? И документом корректировка НДФЛ?

Скорее всего никак. 1С:ЗУП предполагает возможность выплаты физлицам - несотрудникам только дивидендов. Т. о. Вам нужно либо принимать этих учеников как сотрудников в штат по временному трудовому договору либо по договорам ГПХ.

Есть 3 способа.
1. Принять-уволить задним числом
2. Завести договоры ГПХ
3. Документом Корректировки НДФЛ
http://videozup.ru/zup/payroll/oplatit-nesotrudniku.html

Спасибо.
Принять, уволить, наверное будет не совсем правильным
Завести кучу(около 40) договоров ГПХ не устраивает глав.буха, говорит, что могут возникнуть вопросы у налоговой.
Придется, наверное, писать программу, которая будет создавать документ корректировкаНДФЛ и проводки.

Если кому-то надо, пишите, поделюсь обработкой

(3) вопросы у налоговой возникнут при отсутствии договоров