Основная организация зарегистрирована в Москве, а обособленное подразделение находится в МО. Можно ли обособленному подразделению указать свой код ИФНС, чтобы в 2НДФЛ выводился он, а не код ИФНС основной организации?

Такая же проблема. Пока не реализовано, судя по всему.

а ЗУП КОРП или ПРОФ?

У меня КОРП