Товар по регистрам бегает в единицах хранения остатков, в штуках. Отчеты люди смотрят в единицах хранения отчетов - упаковках, коробках и так далее. Логично предположить, что и отгрузки/поступления большей частью оформляются в единицах изменения отчетов. Но автозаполнение при подборе номенклатуры идет в единицах хранения остатков. Операторы тратят время на ввод единицы измерения. Без допиливания это поведение можно изменить?

Нет

Я так и понял.
Допиливать тут:
Общий модуль "ОбработкаТабличныхЧастей"
.ЗаполнитьЕдиницуЦенуПродажиТабЧасти()
.ЗаполнитьЕдиницуЦенуПокупкиТабЧасти()
.ЗаполнитьЕдиницуТабЧасти()
Добавить в конфу константу и в процедуры условие.

Или параметр в регистр настроек пользователей для повышения кошерности

(1)не совсем так,
подбор по номенклатуре поставщика идет в единицах измерения номенклатуры поставщика
подбор по ценам поставщика в той единице, на которую установлена цена поставщика