Тонер или чернила надо списать + стоимость услуги
Обычно при покупке 10 кг тонера его сразу списывают
а при заправке - выписывают реализацию тока на услугу
но тогда непонятно сколько тонера осталось...

выписывайте реализацию на заправленный тонер

(1) двумя строками ?

Я вот думаю, может комплекты (наборы) замутить
Разблокировать доступ на добавление в набор услуги и все должно взлететь

в документе две вкладки. Товары и услуги

(3) у вас комплект "товар + услуга"? ))
товар списываете на вкл. "Товары", заправка - на вкл. "Услуга"

Да и к тому же
Цена на комплект услуга+тонер должен быть фиксированный
Цена тонера допустим расчетная из розничной, а цену услуги надо подогнать под цену комплекта.