Посмотрите что не так - ограничение пользователей по организации:
1. В настройках программы - Ограничение прав по организациям включен
2. Завожу группу аудиторы в них выбираю пользователей
3. Перехожу по кнопке права и выставляю нужные две конторы у них пометку только чтение.
4. Иду в справочниках организации - для всех Организаций, группу Все пользователи - права на чтение и запись, на двух нужных оргах - добавляю группу Аудиторы и отметку чтения. Поьзлватели аудиторы только в одной группе.
Перезапускаюсь под пользователем из Группы Аудиторы - один хрен видно все базы.
База Центральная РИБ.

соссссссссссс

не поняен 4й пункт.

роль у аудиторов какая? если делал сам мог не прописать рлс в правах на объекты.

4-й пункт:
В спраочнике оргазаций захожу в каждую организацию и для тех организаций которые должны видеть аудиторы - там проставляю права на Аудиторы чтение, и группу Все пользователи чтение и запись. Роль бухгалтер и дополнительные возможности главного бухгалтера.

РИБ не сам делал, а ограничение - все стандартным способом, где прописываются права на объекты? Програмно? Кодом?

походу нашел
в роли:
ТекущаяТаблица ИЗ #ТекущаяТаблица КАК ТекущаяТаблица        
ГДЕ ((НЕ &ИспользоватьОграниченияПравДоступаНаУровнеЗаписей)
   ИЛИ 1 В
       (ВЫБРАТЬ ПЕРВЫЕ 1
           1
       ИЗ
           РегистрСведений.НастройкиПравДоступаПользователей КАК НастройкиПравДоступаПользователей
       ГДЕ
           (ТекущаяТаблица.#Параметр(1) = НастройкиПравДоступаПользователей.ОбъектДоступа
               ИЛИ ТекущаяТаблица.#Параметр(2) = НастройкиПравДоступаПользователей.ОбъектДоступа)
           И НастройкиПравДоступаПользователей.ВидОбъектаДоступа = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ВидыОбъектовДоступа.Организации)
           И НастройкиПравДоступаПользователей.Пользователь В (&ГруппыТекущегоПользователя)))

как включить?

повляет ли на риб? повлечет ли изменений конфигураций перефиреек?

(7) если роли типовые, менять ничего не надо.

Лучше на каждую организацию создать по группе (ибо если пользователь будет в двух группах на одну и туже организацию могут быть проблемы.

Потренеруйся на копии. Выведи всех юзверей с группы Все пользователи и рассади по отдельным группам.

Так а в роле: (НЕ &ИспользоватьОграниченияПравДоступаНаУровнеЗаписей)