Заполняю документ по произвольному алгоритму, через выборкуДанных и запрос в ПКГС.

создается документ и заполняется данными - по остаткам.
Как сделать так, чтобы по каждой организации создавался документ?

Я бы сформировал коллекцию в ПВД перед обработкой и передал бы её в переменную ВыборкаДанных

покурить модуль правила выгрузки данных и функцию ВыгрузитьПоПравилу

(1) в ПВД у меня
ВыборкаДанных = Новый Массив(1);

+ в ПКГС:
ВыборкаДанных = Новый Запрос;
бла-бла
КоллекцияОбъектов =  ВыборкаДанных.выполнить().Выгрузить();

(4) Не в ПКГС делай, а как в (1) говорят. Формируй образы выгружаемых документов в ПВД. А ПКО для документа обычное сделай, универсальное без источника.

(4) стедал бы ТЗ в ПВД, добавил бы туда колонку с название твоей ТЧ и запихал туды свою группу свойств.

+(6) группу свойств в виде ТЗ.

ок, спс, буду курить