Нужно в запросе отобрать остатки по пустой партии, можно как то в запросе задать или параметр передать, чтобы отбирались все проводки с пустой партией, не перечисляя все пустые ссылки, которые может принять данное субконто?

приведи измерение к строке, а затем пиши условие на равенство с "")))

ГДЕ ХозрасчетныйОстатки.Субконто1 Есть NULL

+(2) если не записывали пустую ссылку