Можно ли установить программным путём (в режиме 1С-Предприятия)
факт изменения (но не обновления) конфигурации, в результате чего она стала отличаться от конфигурации базы данных ? Каким образом ?

Это для снеговика что ли ?

КонфигурацияБазыДанныхИзмененаДинамически()
КонфигурацияИзменена()

(1) ну да

(2) спасибо !