Есть реквизит  "Отгружен" на форме документа Реализация, у пользователя с правами "Зав. складом" нет прав на редактирование этого документа, но право на изменение этого флага должно быть.
Как правильно сделать?

"Отгружен" это флаг значение булево.

(0) Не связывай флажок с реквизитом. Или просто сделай для "Зав. складом" кнопку, на которую он будет со всей силы жать.

(2)я не правильно выразился, "Отгружен" это "флаг", он ни с чем не связан. Зав. складом  его включает или выключает.

(0) придется значение флажка хранить отдельно и давать завскладу права на это отдельно + (2). Например - в регистре сведений.

Может вам про ордерную систему подумать?
Навскидку: рлс,  кнопка в списке, кнопка в доке, регистр.

(0) как вариант, дать права на редактирование документа, но запретить редактирование всех реквизитов, кроме "отгружен"

(6) Думаешь заработает? чет слышал что оно как-то кривовато работает

В отдельном регистре хранить, либо право на редактирование документа, но в форме оставить доступ только на установку флага, либо отдельную форму для установки только флага