НачатьТранзакцию();
Пока Выборка.Следующий Цикл
   Объект = Выборка.ссылка.ПолучитьОбъект();
   //Изменяем реквизиты объекта
   Попытка
       Объект.Записать(РежимЗаписиДокумента.Проведение,РежимПроведенияДокумента.Неоперативный);
   Исключение
       Сообщить(ОписаниеОшибки());
       ОтменитьТранзакцию();
   КонецПопытки;
КонецЦикла;
ЗафиксироватьТранзакцию();

обычно наоборот

транзакцию вкладывают в попытку

не, нельзя... ибо при большом объеме выборки система у тебя колом станет...

и фактически попытка внутри тебе не поможет... будет мессага "В данной транзакции уже были ошибки"

НачатьТранзакцию();

Попытка

 Пока Выборка.Следующий() Цикл
 
    // тут бы счетчик, и каждые скажем 100 итераций фиксировать транзакцию, и стартовать новую

    Объект = Выборка.ссылка.ПолучитьОбъект();
    Объект.Записать(РежимЗаписиДокумента.Проведение,РежимПроведенияДокумента.Неоперативный);

 КонецЦикла;

 ЗафиксироватьТранзакцию();

Исключение
  Сообщить(ОписаниеОшибки());
  ОтменитьТранзакцию();
КонецПопытки;

Спасибо