Дебет по счёту 41.01 (в 1.6) перенёсся на счёт 000 (в 2.0)
Подскажите пожалуйста каким документом можно перекинуть на место?

Вводом остатком надо думать. Или вы только на остатки смотрите, а чем они введены вам до лампочки?

(0) Интересно, а в 000 перенеслось в дебет или в кредит?

(1) Это стандартный переход переносил помощником. Можно сказать в программе не чем они не введены, просто не совсем корректные правила обмена по переносу данных

(3) да при чем тут правила, это в 1.6 остатки на 000 зависли, посмотри оборотку того года, когда прошлые остатки вносили в 1.6, там наверняка Дт 000 <> Кт 000.

(4)Не не в 1.6 остатки стоят там где положено и на 000 ничего нет. Вообщем я ввёл на 41 через ввод начальных остатков и сумма с 000 списалась)

Ой... ещё две базы переводить с 1.6 на 2.0

(3) Правила может и кривые, но создают автоматически эти правила именно Ввод начальных остатков, и увидеть это можно из любого бух отчета, даже если не читал руководство пользователя

(5) Это значит что остатки по 41 вовсе не перенеслись автоматом, и сумма зависла в дебете 000. Скорее всего были кривые исходные данные.
УСН?

(7) ввод начальных остатков не создался при переносе

(8) Кривые исходные данные - 99% что так, исходя из собственного опыта. Решается всё ВВодом начальных остатков, главное провести концом прошлого года