для каждого строка из объект.ДанныеЗаказов цикл
            НоваяЗапись = РегистрыСведений.АдресаКоординаты.СоздатьМенеджерЗаписи();
            НоваяЗапись.Контрагент = строка.контрагент;
            НоваяЗапись.Адрес = строка.адрес;
            НоваяЗапись.Прочитать();
            Если НоваяЗапись.Выбран()   Тогда
                НоваяЗапись.Широта = строка.Широта;
                НоваяЗапись.Долгота = строка.Долгота;
                НоваяЗАпись.Записать();
            Иначе
                НоваяЗапись.Контрагент = строка.Контрагент);
                НоваяЗапись.Адрес = строка.Адрес;
                НоваяЗапись.Широта = строка.Широта;
                НоваяЗапись.Долгота = строка.Долгота;
                НоваяЗАпись.Записать();
            
            КонецЕСли;
        
    КОнецЦикла;

Новый записи создаются, старые не замещаются

в регистре два измерения Контрагент и Адрес

в чем может быть дело, регистр настроен не верено или код?

Дублей нет. Отладчиком, вроде все присвается.

Но замещение не происходит, остаются старые данные

Если НоваяЗапись.Выбран()   Тогда
                НоваяЗапись.Удалить();

Так тоже не удаляется, и ошибок нет.

в пользовательском режиме, вроде нормально всё, редактирование, удаление.

У тебя синтаксическая ошибка для начала в коде здесь. Рука дрогула или как?
НоваяЗапись.Контрагент = строка.Контрагент);

Зачем вообще читать и проверять в условие, если в результате перезапись при любых условиях?

НоваяЗапись = РегистрыСведений.АдресаКоординаты.СоздатьМенеджерЗаписи();
ЗаполнитьЗначенияСвойств(НоваяЗапись, строка);
НоваяЗапись.Записать(Истина);//Замещать = Истина

Проблема оказалась в данных, в ТЧ несколько одинаковых строк, и нижние строки замещали запись повторно на предыдущие значения. Создавалась иллюзия что замещение не происходит. (10) тоже работает.