Предположим создал я программный комплекс и хочу его продать. Где его нужно зарегистрировать, чтобы потом ни у кого не возникало вопросов?

сразу видно, что у человека нет профильного высшего образования.
уж более 10 лет дают семестр правоведения по этому разделу.

вот беглый обзор https://habr.com/ru/post/415789/

(0) Он на хрен никому не нужен. Не парьтесь.

(1),(2) а без патента нельзя?
То есть, чтобы у покупателя не возникло вопроса, а не тыренное ли я продаю?

(3) наверняка ведь тыренное

(0) Продавай услуги по настройке/доработке. Делов-то.
(4) Однозначно тыренное.

(5)Так пока я так и делаю. А они хотят через некоторое время соскочить с иглы, купить, а меня на поддержку за меньшую плату.

(6) а кто им мешает просто уменьшить сумму договора, если они считают, что она слишком высока?

"На базаре два дурака - один продает, другой покупает"

(6) Купить что, простите??

(9) Патент, ептыть! Среди нас Илоны Маски.

(10) не ну а че, у организации образуются РБП, затраты можно по времени размазать. чем плохо то.
Чем сразу за доработку заплатить пару мильенов.. и сразу на затраты

(6) Спроси у Маньяка (не к ночи помянут). Он в этом деле мастак.

(6) Насчет "купить" ты уверен?

Если я правильно понимаю, то ты разрабатываешь что-то в интересах кого-то. И этот кто-то регулярно платит тебе деньги. А сейчас ты решил, что этот кто-то заплатит тебе еще денег за то, что по факту уже принадлежит этому кому-то?
С такими закидонами я бы тебя в лучшем случае послал, в худшем передал бы тебя в руки правоохранительных органов с подозрением на мошенничество.

Несколько лет назад тут обсуждали жизненный случай:
Какой-то недопрог написал недопрогу, за которую регулярно брал деньги с пользователей этой недопроги. А у тех, кто отказывался платить, через некоторое время эта недопрога начинала плохо работать. Половина отчетов не формировалась, другая половина выводила всякую чушь. Это дитя информационных технологий по причине алчности и скудоумия очень некисло попало на статью из главы 28 УК РФ.

Вот чтобы потом не надувать обиженно щеки, не пускать пузыри носом и не всхлипывать, ты подумай сначала какие у тебя права и кто ты есть на самом деле.