На основании корректировки реализации (уменьшение):
http://joxi.ru/12Mx1qdU4LVLdm

Создаю корректировочную счёт-фактуру:
http://joxi.ru/KAxMe4ws4RzR6r

При заполнении документа "Формирование книги продаж" эта корректировки в неё не попадает.
В отчёт "Книга продаж по Постановлению №1137" тоже.

Проведение документов по регистрам НДС делал.
Что ещё посмотреть?

Комплексная автоматизация, редакция 1.1 (1.1.90.1)
1С:Предприятие 8.3 (8.3.6.2237)

(0) Покажи скрин движений документа Корректировка.

(2) http://joxi.ru/1A5JbPncKQqWVr

У вас нет движений по регистру "НДС Продажи". Он появляется после проведения по регистрам НДС. Копайте в эту сторону.
У меня до проведения по регистрам - как у вас, а после - вот так:
http://priscree.ru/img/4c4e5d750d1d9c.png

Копаю в указанную сторону, обнаруживаю - у счёт-фактуры на саму реализацию почему-то движение по "НДС Продажи" без суммы:
http://joxi.ru/EA4bNPOHDaLjQm

http://joxi.ru/Vm63yPXfx7O1g2

(5) это нормально
в (4) всё верно написано, но если лень проводить по регистрам НДС, можно сделать подписку на событие Обработка проведения для документа Корректировка реализации. в ней написать

        
СтруктураШапкиДокумента = Новый Структура;
Заголовок = "";
    Источник.ПодготовитьСтруктуруШапкиДокумента(Заголовок, СтруктураШапкиДокумента);

УчетНДСФормированиеДвижений.ПровестиКорректировкуРеализацииПоРегистрамНДС(СтруктураШапкиДокумента, Источник.Ссылка)

(6) а нет, проверил всё немного не так. Корректировка реализации по согласованию сторон в случае если она на уменьшение отражается в книге покупок. И попадает она в Формирование записей книги покупок на последнюю вкладку Вычет НДС по уменьшению стоимости реализации

Проведение по регистрам НДС, конечно же, сделал.

Встало.
Помогло два совета:
- Проведение по регистрам НДС
- То, что попадает она в Формирование записей книги покупок на последнюю вкладку Вычет НДС по уменьшению стоимости реализации

Всем спасибо.

(10) И мне спасибо: Счет-фактура - мужской род, речь идёт о счете.
Итого: "Корректировочный Счет-фактура"