Стоит сервер  Win 2003, к нему подключаются через rdp для работы в 1с. При подключении, пользователь попадал на форму ввода пользователя  и пароля, сейчас при подключении сначала открывается окно с выбором базы, что могло поломаться и где посмотреть?

Посмотри, что запускается при подключении через rdp.

у пользователей на закладке "среда" написано, запускать при входе 1c\BIN\1cv7.exe

смотри ключи к запуску 1cv7.exe

1cv7.exe MODE [ /M | /D<Path> | /U<Path> | /N<Name> | /P<Pass> ],
где MODE - режим запуска, может принимать только одно из трех значений :
config - режим конфигуратора;

debug - режим отладчика;

enterprise - нормальный (рабочий) режим.
следующие ключи опциональны :
/M - запуск программы в монопольном режиме;
/D - каталог базы данных;
/U - рабочий каталог пользователя (каталог из списка пользователей игнорируется);

/N - имя пользователя;

/P - пароль пользователя;

(0) наверное база добавилась

(5) да, добавилась, надо удалить все кроме нужной

?

поднять

Путь_к_1cv7.exe enterprise /dПуть_кБазе /nИванов /pпарольИванова

(6)(7)(8) ну проверь