Пример:
Услуга N1 - подключена 01.09.2013 и действует до сих пор.
Услуга N2 - подключена 01.09 и отключена 05.09

Сейчас регистр сведений организован так:
Периодичность в пределах секунды.
Подчинение регистратору.
В измерениях: Контрагент  + Услуга.
В ресурсах: Активная(булево), Стоимость.
При подключение "Активная" = Истина, при отключение - ложь.

Но такая схема очень не удобная в построение отчетов.

Как эффективней организовать хранение этих услуг? Какая структура регистра сведений должна быть?

конфигурация самописная, писал не я, но приходитья поддерживать.
В 1С новичок.

Попробуйте остаточный регистр накопления: будет виртуальная таблица остатков.

переходи на регистры расчета

(1) как тогда организовать регистр накопления?
Какие ресурсы?
как получить действующие услуги ( я так понял это будут остатки ),а как те которые работали за выбранный период ?
Стоимость услуги зависит от количество дней , которая она была подключена.

(2) Подскажешь как организовать данный регистр? Где можно прочитать про него?

http://v8.1c.ru/metod/books/book.jsp?id=401

(4) про книжку поговорю с наачальством

А если все же делать на регистрах сведений, как лучше сделать ?

(5) слишком мало данных. регистры накопления, если нет вытеснения или там ввода задним числом, вполне сгодятся

(6) Компания оказывает услуги, которые могут действовать от 1 дня.
Стоимость услуги зависит от количества дней, которая она работала.
Сейчас мы пишем в регистр сведений, что услуга подключена или отключена: Период  = дата подключения или дата отключения.
А активность отмечается булево Истина или ложь.
Потом на основании этого регистра собираем отчет по услугам действующих за период.

т.е. там даже вытеснения нету? тогда в чем сложности в отчетах?

(8) вытеснения нету.
Как, имея данную структуру, получить действующие услуги за период и их стоимость?

(0) сумма услуги зависит от периода действия?

(7) ага, зависит, это лучше на регистре расчета реализовывать

(0) Стоимость зависит от длительности... мне одному кажется, что хранить ее в ресурсе "Стоимость" - это какое-то зло? Ибо выходит, что ресурс регистра высчитывается на основании предыдущих записей этого же регистра

(0) нормальная структура. То, что у тебя не скилса ее осилить - это другое дело.

(12) хрень все это, правильно / не правильно.
Нормальный вариант и работающий.

Есть еще вариант независимый регистр сведений с датой начала (Период) датой окончания действия (ресурс/реквизит). Для отчетов удобно, а вот делать движения не очень.

Такой вариант не подойдет?
"Регистрация изменений на некоторый промежуток времени с возвратом в исходное состояние"
http://its.1c.ru/db/metod81#content:2910:1