скажите почему если я выбираю флажок1 и флажок 2, то все равно Сообщить("1")???

Если флажок1
       тогда
       Сообщить("1")
   ИначеЕсли флажок1 и флажок2
       Сообщить("2");
   КонецЕсли;

так и должно быть

Дружище, по-моему ты не ту профессию выбрал

(0) Флажок1 выбран? Выбран. Первое условие выполнилось? Выполнилось. Ну вот и...
Измени порядок проверок - и будет счастье.

(2) без оскорблений мы уже не умеем?

(2) к (0) ессно :))

(3)я подразумевал, просто в реали у меня их намного больше и комбинаций тоже, думал как нить может можно это обойти((

(5) еще бы ты к (1)
я собственно и подозревал, что к (0)
но вот объясни ЗАЧЕМ?

(6) Обойти что?

(4) Если ты (2) принял на свой счет, то (5), если нет, то что могу сказать, это мое мнение, где здесь оскорбление?

(7) Зачем что?
Если человек не может в голове осилить элементарную логическую конструкцию, то ему нужно либо начинать самые базовые книжки либо менять профессию.
IMHO конечно :))
Просто не каждому дано быть программистом.

ну этот перебор

+(10) Начинать читать ессно

(11) Расскажи свою задачу. Тогда можно будет и над решением подумать. А то сферические кони в вакууме сплошные - как их обойти-то?